法律分析：依据我国相关法律的规定，公民对机关作出的违章建筑认定不服，存在争议的，可以先申请行政复议，对复议结果不服的，可提起行政诉讼，法院一般是会受理的。
法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》 第十二条 人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：
(一)对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的;
(二)对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的;
(三)申请行政许可，行政机关拒绝或者在法定期限内不予答复，或者对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的;
(四)对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的;
(五)对征收、征用决定及其补偿决定不服的;
(六)申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的;
(七)认为行政机关侵犯其经营自主权或者农村土地承包经营权、农村土地经营权的;
(八)认为行政机关滥用行政权力排除或者限制竞争的;
(九)认为行政机关违法集资、摊派费用或者违法要求履行其他义务的;
(十)认为行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障待遇或者社会保险待遇的;
(十一)认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的;
(十二)认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。
除前款规定外，人民法院受理法律、法规规定可以提起诉讼的其他行政案件。
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