不是当天生效的。
每年12月左右为参合农民缴纳下一年度合作医疗基金期，逾期不交者，就不能再享受参合住院医疗费用补偿；参合有效期为缴费后次年1月1日至12月31日。
新型农村合作医疗是以年度为单位办理参合手续，并且在同一个缴费年度内享受该年度的合作医疗报销待遇。即在当年年底参加下一年度的合作医疗缴费，从下一年1月1日至12月31日享受合作医疗待遇，不是当天缴费当天生效。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
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